Das Süddeutsche Klimabüro wurde im Dezember 2007 am Karlsruher Institut für Technologie (KIT) von Herrn Prof. Christoph Kottmeier, dem Leiter des Instituts für Meteorologie und Klimaforschung, ins Leben gerufen (KIT-Pressemitteilung). Im ersten Jahr wurde es von Herrn Dr. Michael Kunz kommissarisch geleitet und im Januar 2009 wurde Herr Dr. Hans Schipper als Vollzeitmitarbeiter gewonnen.
Das Süddeutsche Klimabüro gehört zum KIT-Zentrum Klima und Umwelt, das am 1.1.2009 am KIT gegründet wurde und das den Rahmen für ca. 500 Wissenschaftler aus 30 Instituten bietet, interdisziplinär Grundlagen- und Anwendungswissen zum Klima- und Umweltwandel zu erarbeiten.
Das Süddeutsche Klimabüro ist eines von vier regionalen Helmholtz-Klimabüros, die am GKSS-Forschungszentrum Geesthacht, Karlsruher Institut für Technologie (KIT), Alfred-Wegener-Institut für Polar- und Meeresforschung (AWI) bzw. Helmholtz-Zentrum für Umweltforschung (UFZ) angesiedelt sind. Die regionalen Helmholtz-Klimabüros sind auch im Rahmen der Helmholtz-Klimainitiative (Helmholtz-Verbund Regionale Klimaänderungen - REKLIM) für die Vermittlung der Forschungsergebnisse zuständig. Die Helmholtz-Gemeinschaft fördert die Forschung zum regionalen Klimawandel an den HGF-Zentren mit insgesamt 32,3 Millionen Euro für die Jahre 2009 - 2013.
Die Arbeitsschwerpunkte der Klimabüros sind eng mit der Klimaforschung der jeweiligen Helmholtzzentren und der Region verbunden. Das Süddeutsche Klimabüro stellt daher kompetent und in verständlicher Form wissenschaftliche Informationen zu Klima und Klimawandel mit Fokus auf den süddeutschen Raum bereit. Es versteht sich als Mittler zwischen Forschung und Öffentlichkeit. Grundlage ist die Kompetenz zu Klimaforschung am KIT und an den assoziierten Einrichtungen.